Как сделать, чтобы уравнения нумеровались независимо по главам в LaTeX?

Так?

\@addtoreset{equation}{section} % ТОЛЬКО В СТИЛЕВОМ ФАЙЛЕ !

ну и затем где надо:

\begin{equation}
    Ax=b
\end{equation}

А может в преамбуле

\makeatletter \@addtoreset{equation}{section} \makeatother

?