Не починили ли в Kmail'е проверку прочитано ли письмо по imap?
Давняя проблема - если прочитать письмо в вебе, то kmail не понимает, что письмо прочитано пока не запустишь синхронизацию вручную (и то не всегда помогает).
Может появилась какая надстройка, а я не знаю?