Проблема давняя, но особо не обращал внимания. А теперь понадобился Blender и припёрло. Начал искать решение в связи с аналогичной проблемой в Блендере, которая решилась средствами Блендера, спасибо Bruce_Lee.
Через некоторое время после запуска иксов меню (контекстное и вверху окна) перерисовываются всё медленнее и медленнее. Вначале на месте меню появляется кусок какого-нибудь из недавних окон, а через несколько десятых долей секунды меню несколько раз мигает и приобретает правильный вид. В Блендере та же проблема с обновлением панелей, и перерсовка может не начинаться пока не совершу какие-то действия вроде зума. Перезапуск kwin (kwin_x11 --replace) или иксов целиком помогает, но ненадолго. Одинаково подвержены программы и на GTK 2 и 3, и на Qt 5. Gentoo AMD64, KDE5. Видео Radeon со свободным драйвером.
Как исправить?
Дополнение: похоже, мигание в Блендере и остальных программах напрямую не связано. В Blender всё решилось в его настройках: меню в левом нижнем углу панели, User Preferences -> System -> Window Draw Method -> смениить на Triple Buffer, нажать «Save User Settings» слева внизу. Заодно и пути настроил :)
В GTK, Qt и Firefox (в тулкитной принадлежности которого я сомневаюсь) меню, по-прежнему, мигают.