Инсталлирую FreeBSD и раздумываю, что поставить в качестве десктопа: крысу или гнома?
Слово «инсталлирую» не существует, слово «десктоп» тоже, слово «FreeBSD» существует, но редко. Так что раздумие ни о чём, поэтому можно думать всё, что угодно.
В Linux XFCE используют, когда мало памяти, Gnome - когда не мало. Можно установить и XFCE и Gnome, и выбирать при входе в Linux. Они не создают взаимных помех (в отличие от комбинации Gnome c GDE или LXDE, когда устанавливается много не нужных для любителей Gnome пакетов). Найти статью с описанием, как добавить XFCE к Gnome (не используя tasksel), может этот рецепт подойдёт и для так называемой FreeBSD.