Не резолвятся адреса при отключении ipv6

Кеширующий DNS может слушать на ::1. Покопайте в эту сторону, для начала.

уверен, что перестают резовиться? скорее всего резовл как раз проходит, а потом ПО тупо пытается подключиться к ipv6 адресу и не желает признать, что это невозможно :)

я на dns сервере запретил резолвинг AAAA, если запрос пришёл по ipv4.

options {
  filter-aaaa-on-v4 yes;
}