snap-файлы лежат в /var/lib/snapd/snaps/, затем монтируются как squashfs в /snap, юзерские настройки кладутся в /home/user/snap.
То что у юзера в хоуме - копейки, можно не учитывать, а вот с монтированием я не понял: то что лежит в /snap/someapp - это то что распаковали из snap-файла на диск? Т.е. чтобы оценить занимаемое место на диске нужно суммировать все версии в /var/lib/snapd/snaps/someapp + текущую распакованную версию в /snap/someapp?