Запустить Java приложение с большим Scaling параметром.

Разобрался сам, его launch скрипт пытался вычитать scale factor из gsettings, которые в моем случае не работали, захардкодил 2-ку руками, всё стало нормально.

Через gsettings уже давно нельзя узнать про масштабирование, сейчас это вроде только в ~/.config/monitors.xml

Тут всякие параметры JVM написаны, предположу что может и к ванильной OpenJDK можно попробовать:

-Dsun.java2d.uiScale.enabled=true
-Dsun.java2d.uiScale=2.0

А вообще intellij делают собственную сборку JVM для linux, с фиксом шрифтов и улучшенной поддержкой hdpi мониторов. Она вообще для IDEA сделана, но я ей пользуюсь и для другого приложения - freeplane.

Как использовать сборку JVM от Jetbrains для запуска других джава программ?

Все жабоприложения одинаковые, в 99% случаев для Linux поставляется шел скрипт для запуска приложения, туда надо заглянуть и посмотреть как происходит старт жабы.
В случае freeplane я увидел что в их шел скрипте запуска есть JAVACMD, её можно переопределить указав любой пусть к jvm. Я создал freeplane.desktop с такой строчкой:

Exec=env JAVACMD=/snap/intellij-idea-community/current/jbr/bin/java reposit/apps/freemind/current/freemind.sh %U

Путь к jvm такой странный от того что у меня используется IDEA из snap репозитария убунты, и я так воспользовался их JVM. Мне нравится рендер шрифтов у JVM от IDEA. Но мне кажется у них были и отдельные сборки JVM которые можно получить без IDEA.

Шел скрипт скрывают приблизительно такую команду java -cp ./libs -jar com.example.app.Runner, где cp это подобие LD_LIBRARY_PATH, а com.example.app.Runner класс где есть main метод.

без ключа -jar, это я ошибся

Я не ТС, но мне помогло :)

https://confluence.jetbrains.com/display/JBR/JetBrains+Runtime качаем и ставим как обычное jdk/jre.