Лучше всего видно на http://balancer.ru/img/forums/0611/p-diffs.png
"Переход" - это GTK2 (Gnome), "Правка" - Qt (Opera). Сравните ширину буквы "П".
И там, и там - Tahoma 10pt. И там, и там - 96dpi (явно прописано в конфиге иксов, в настройках Gnome и в настройках KDE). При чём проблема именно где-то в Qt, т.к. реальный размер в 10pt в GTK-варианте. А вот все Qt/KDE-программы чуть-чуть шрифт уменьшают.
Куда копать? Я по наивности раньше думал, что в наше время все программы рисуют шрифты одними библиотеками :)