как заменить в emacs __some__ на ~__some__~?

Замену по регуляркам он поддерживает? Что-то типа такого:

__([a-z]+)__  -> ~__$1__~

Поддерживает, только синтаксис надо будет махнуть слегка

In TO-STRING, ‘\&’ stands for whatever matched the whole of REGEXP,
and ‘\N’ (where N is a digit) stands for whatever matched
the Nth ‘\(...\)’ (1-based) in REGEXP.
‘\?’ lets you edit the replacement text in the minibuffer
at the given position for each replacement.

https://www.gnu.org/software/emacs/manual/html_node/emacs/Regexp-Replace.html

И тут я врываюсь на белом коне с регулярками наперевес! VIM рулит!

Регуляркой (query-replace-regexp, обычно C-M-%)

__[[:alpha:][:digit:]_]+__ → ~\&~

Регулярки рулят, а на кой здесь вим?

там это «в крови».

Там в этом вашем виме, можно регуляркой найти имена переменных, переносимо между любыми языками программирования? Или например, все гласные/согласные/знаки препинания, опять же универсально для любого языка?