Скорее всего в системе не назначен терминал по умолчанию, поэтому десктоп-файл не отрабатывает, просто не знает в чем выполнить. Назначь или пропиши конеретный терминал в десктоп-файле. А-ля:
root@comp1:~# update-alternatives –config x-terminal-emulator
Есть только одна альтернатива в группе ссылок x-terminal-emulator (предоставляющая /usr/bin/x-terminal-emulator): /usr/bin/mate-terminal.wrapper
Настраивать нечего.