Проблема низкой громкости микрофона

Попробуй удалить файл /var/lib/alsa/asound.state. На всякий случай сделай копию — если не поможет, вернёшь всё взад.

Подскажите пожалуйста куда копать?

Стоит глянуть в сторону приложения, из описания не понятно, в чем и как ты проверял. Сама звуковая система в линуксе простая и в звук изменения не вносит.

Как дела в винде сейчас с разными звуковушками обстоят не знаю, но один раз у меня возник аналогичный вопрос с разницей по громкости с e-mu 0404 usb. Оказалось, что в винде на микрофоне был софтовый неотключаемый компрессор, а звук через ASIO был как в линуксе. Компрессор можно добавить через easy effects, но тут лучше посмотреть гайд о том, что он из себя представляет с примером настройки (например, как сделать звук как в радио). Компрессор незаменимая штука там, где надо записывать речь.

Я бы попробовал записать звук в двух системах в каком-нибудь аудасити и посмотреть на различие.

К сведению, любой дешманский микрофон выиграет от подключения к хорошей внешней звуковухе с усилителем входного сигнала