Была такая вещь gnome-macmenu. Теперь её переписали, называется gnome2-globalmenu.
http://code.google.com/p/gnome2-globalmenu/
Но старая версия работала с Eclipse, а новая не работает - меню просто исчезает. Способа отключить эту штуку для отдельного приложения (вроде GTK_MENUBAR_NO_MAC) я не нашёл.
Что можно сделать, кроме как откатиться на старую версию?