Проблема в Thunar, пробовал 0.8, 0.9, 0.9.1svn-r26691 (на разных машинах) - идентично.
Периодически при открытии любой директории, копировании/удалении и т.п. любого файла (хоть 1 Б) Thunar тупит (ЖД активно начинает работать), иногда, когда ждёшь, он (gui) вылетает и не запускается пока в top´е демонов его не убьёшь.