1. Пакет с http://www.ispms.ru/files/rusthesis_TeTeX.tgz -- это самая свежая версия Rusthesis?
2. Нет ли варианта этого же пакета с одним кеглем и начертанием в оглавлении, чтобы без жирного и всё одним кеглем? Если нет, придётся прочитаь в дальнейшем http://habrahabr.ru/blogs/latex/48394/
3. Некритично, но что надо ему всё-таки сказать кроме \usepackage{cyrtimes} для использования этого недо-таймса? Какой-то там rmdefault?