Проложения типа mozilla и gimp

Потому что все новые версии GNOME и его стандартно поставляемый багаж приложений построены теперь на библиотеке Gtk версии 2, что даёт более презентабельный внешний вид и возможность иметь доступ к шрифтам по новому методу Xft/fontconfig (вместо старого X core font system, разработанного в 1970-х годах, но ещё вовсю применяющегося), тут вам и сглаживание шрифтов, и человеческие их имена. Что же касается таких приложений как GIMP, XMMS, Evolution, LinNeighborhood, Grip, Sylpheed, Balsa и ряда других, то они сделаны на библиотеке Gtk 1, которая до сего дня очень популярна и входит во все дистрибы, но настраивается она по-другому, да и метод Xft/fontconfig Gtk1-приложения не понимают. Ничего странного, графических библиотек множество. Например, XEmacs, DDD, NEdit вообще построены на графической библиотеке Motif (стандарт де-факто, между прочим, в коммерческих Юниксах и всяких прогах, которые имеют версии для разных UNIX-систем), и никакие настройки GNOME или KDE не окажут влияния на вид элементов GUI таких приложений. Такая ситуация.

wildhoney, вы пишите, что GTK-1 настраивается по другому, и как мне её настроить, мне бы просто цвет шрифта поменять, для этого надо gnome 1 поставить, чтоль?

Да нет... Просто есть файлы в каталоге /etc/gtk, там можно, кажется, настраивать параметры. Впрочем, я этим особо не интересовался, я там менял только шрифты (но не цвет), так что, насчёт цвета не знаю.

твои настроийки влияют только на GTK проги. На QT не влияют - 1) и мозилла - вообще сама себе на уме со своим хулом (XUL)

Цвет вроде поменялся...

gtk-theme-switch или че-то в этом роде