mplayer и его фронтенды из коробки умеют

Не при проигрывании, а изменить сам файл субтитров, так чтобы там было корректное время.
Видимо придется самому писать..

А ну тогда не знаю.
Я думаю уже есть готовые инструменты, как минимум под винду. Спроси анимешников, они же сабы в какой-то проге пишут, а не в блокноте...

http://tinyurl.com/yb58jod

не нашел на той странице программы, которую можно вызвать из скрипта.

чо, правда?

Subtitles is an all-purpose subtitle Swiss Army knife. It can reload, retime, and convert subtitle files in a lot of ways. For example, say you have a subtitle file that displays the text three seconds late compared to the video file. All you have to do is type into a terminal subs -i -b 3 subtitle_file.sub and it's fixed.

Ты клевый, спасибо большое.