LINUX.ORG.RU

Разыскивается редактор для геномов


0

0

Разыскивается редактор под линукс (лучше кроссплатформенный, потому как наряду с линем приходится работать под виндой и в макосии) для ручного выравнивания последовательностей аминокислот в биоинформатике. Т.к. аминокислоты кодируются буквами, ручная обработка зачастую производится в текстовых редакторах. Но, понятно, в чаще всего используемых word|write слишком много лишнего для такой задачи, тяжелые они и приходится каждый раз перенастраивать - включать моноширинность, отключать проверку орфографии, да и линейки не те.

А нужно не так много: 1) Моноширинный шрифт 2) Горизонтальная линейка, количество букв считать 3) Выделение цветом отдельных участков текста (и чтоб эта расцветка сохранялась при загрузке-восстановлении) 4) Вертикальные блоки 5) Быстрота загрузки

Ближе всего wordpad под виндой, только линейки бы ему не сантиметровые, а символьные и сохранение в .odt

Т.к. биологи совсем не программисты и компов боятся, хорошо бы что-то более стандартное для освоения чем vim и emacs


это вам к создателям сериала Регенезис, там GAAFFAAAGAA выравнивали очень красивой программкой.

system-root ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Zubok

>> Разыскивается редактор для геномов

Еще для Emacs.

Да! Emacs поможет мне исправить ошибку в ДНК!

anonymous-kun
()

Спасибо! Все смотрят в сторону emacs :-) Будем копать по специализированным, если не получится, придется писать (т.к. задача не очень стандартная, обычно софт заточен под большие геномы типа человека или пшеницы,а у нас вирусы, у них другая специфика - все маленькое и проще вручную)

keleg
() автор топика
Ответ на: комментарий от keleg

>Спасибо! Все смотрят в сторону emacs :-)

Нет, почему все? Там по ссылкам (по последним двум) как раз не Emacs, а Java (jalview) и seaview. Они специализированные. Я только не знаю, работают ли они. Надо скачать и попробовать.

Zubok ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от keleg

>и проще вручную

+1 локально поставленый бласт и скрипты на перле решают, а еще EMBOSS бывает полезен как источник мелких утилит.

imatveev13
()
Ответ на: комментарий от imatveev13

а резульаты работы скриптов выглядели как алаймент (новых сиквенсов, старых сиквенсов, праймеров) в fasta формате который я разглядывал/редактировал редактором nedit. Сочинил раскраску ATGC, там просто, если надо вспомню как. Давно это было. Nedit под винду собирать тяжело, motif - lestif. Это решается X server'ом под винду - Xming. Ставите все на линуксе, и ходите туда Xming'ом. Xming всега с собой на флешке.

imatveev13
()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.