Как в ffmpeg'е указать дорожку при копирвоании

не знаю, зачем это вам, но подозреваю, что mkvtoolnix должны помочь.

мне надо сделать вывод в mp4

-map

`-map input_stream_id[:sync_stream_id]'

Set stream mapping from input streams to output streams. Just enumerate the input streams in the order you want them in the output. sync_stream_id if specified sets the input stream to sync against.

>>>

не оно?

похоже. еще сведение 6 канало сделать

а чем mencoder не угодил?

mkvmerge, mkvmerge gui - mmg. Выкидываешь ненужное.