На gnome-panel есть «Апплет уведомлений» и «Область уведомления». В чём различия (у меня разные приложения в разные лотки добавлют значки)? Как они получаю данные (d-bus?)? Есть ли аналоги?

Ох уж эти бубунтоизвращенцы. У людей есть только трей («Область уведомлений»). То, что ты назвал «Апплет уведомлений», — это, видимо индикаторы. Они есть только в бубунте (потому что для других дистрибутивов надо патчить кучу пакетов для поддержки ненужного г-на, этим страдает только бубунта). Индикаторы можно удалить, тогда появятся недостающие значки в трее.

Вроде проскакивала новость на webupd8.org о расширении для gnome-shell, которое должно поддерживать убунтоиндикаторы. Только нафиг не надо :)

В убунте и кде делают нормальный dbusовый трей. А в гноме тащат deprecated привязанное к иксам дерьмецо, которое всё никак выкинуть не могут.

Кстати это тот редкий случай, когда в kde принято делать через стандарты freedesktop.org, а в гноме через legacy задницу.

>расширении для gnome-shell, которое должно поддерживать убунтоиндикаторы.

ОМГ, извращенцы. Там же свои индикаторы есть. И бубунтоиндикаторы, наверное, ненативно выглядеть будут.

Только нафиг не надо

Это точно.

Судя по скриншотам — да, ненативно. Они их в той всплывающей панели хотят размещать (в которой трей расположен): http://www.webupd8.org/2011/06/gnome-shell-might-support-appindicators.html#more