решил поделиться рецептом лечения данного бага. Баг заключается в новом способе отрисовки в Qt4.5.
добавьте
\force_paint_single_char false
в ~/.lyx/preferences
и тормоза станут заметно меньше. Правда иногда может лагать курсор при перемещении, но я пока этого не замечал.
тред с рецептом: http://www.mail-archive.com/lyx-users@lists.lyx.org/msg87279.html