Как мне известно api скайпа доступен, многие клиенты имеют полноценную поддержку этого протокола(miranda,trilian,im+).
Один только pidgin с сетью skype работает через зад.
Почему не могут нормально реализовать плагин для поддержи этого популярного протокола, другие же клиенты как-то работают без запуска демона скайпа.
Может существует альтернативный клиент для скайпа, а я просто об этом не знаю )
