покурив арчевики по этой! ссылке я проделал все действия которые там описываются. В результате у меня все qt приложения подхватили мою gtk тему, а вот Skype нет.
Так как скайп у нас 32 битный а система 64 битная стало очевидно что нужен движок моей темы под 32 бита.
Gtk тема моя использует Murrine, поставил lib32-gtk-engine-murrine но не помогло.
Кто скажет чего еще не хватает скайпу для нормального отображения gtk темы?