После установки Xfce и последующего возвращения в GNOME 3 (с удалением Xfce, конечно) дефолтным файловым менеджером внезапно стал... vlc. Выбираю в Deluge «открыть папку», а он открывает vlc и добавляет в плейлист все файлы из этой папки.

Решение простое - открыть ~/.local/share/applications/mimeapps.list - там строка «inode/directory» должна выглядеть как:

inode/directory=nautilus.desktop;