Система не реагирует на завершение сеанса/выключение

polkit, может быть?

Что в ~/.xsession-errors?

Почистил, потыкал - пусто. До этого единожды выскакивало предложение выключить сейчас (обычно оно даже не появляется), но больше это не повторялось.

Судя по всему, ошибка упирается в gnome-session-quit.

завершить сеанс или выключить компьютер не удается

ConsoleKit в порядке? Не было ли попытки заменить его на systemd? Сообщений об ошибках, как я понимаю, никаких нет?

система может переходить в ждущий режим

Значит, upower работает :)

Нет, с systemd не шаманил. Сообщений об ошибках вообще никаких.
Сейчас проверил, очень странно себя ведет xfce - первый раз выдает диалог выключения и при выборе shutdown ОЧЕНЬ долго думает, прежде чем вырубиться.