gnome 3.6 + caps_toggle - есть ли истории локальных успехов?

Сам гном не юзаю, так пробывали?

Section "InputClass"
        Identifier "evdev keyboard catchall"
        MatchIsKeyboard "on"
        MatchDevicePath "/dev/input/event*"
        Driver "evdev"
        Option "XkbLayout" "us,ru"
        Option "XkbOptions" "grp:caps_toggle,grp_led:scroll"
EndSection

Можно через xorg.conf задать, правда, я не знаю, будет ли реагировать на это гномовский индикатор.

А если настройка через setxkbmap слетает при перезапуске, то ее можно прописать в автозагрузку.

Можно через xorg.conf задать, правда, я не знаю, будет ли реагировать на это гномовский индикатор.

Если через гном раскладки не настроены, индикатора не будет вообще. Если что-то настроено через гном, индикатор будет показывать всегда en.

А если настройка через setxkbmap слетает при перезапуске, то ее можно прописать в автозагрузку.

Она слетает во время работы.

Отключить вообще раскладушку gnome. Как?

Можно попробовать выключить соответствующий плагин gnome-settings-daemon.

Подружить её с xkb. Как?

Никак, в новом гноме удалён код, отвечающий за настройку переключателя xkb.

Насколько я понял, для caps lock это сделать нельзя. Но если можно, то как?

Можно пропатчить код, который умеет вешать хоткеи на модификатор+модификатор (к сожалению, не помню, какая это программа, либо g-s-d, либо gnome-tweak-tool), чтобы добавить туда ещё и caps lock, но тогда вместе с переключением раскладок будет переключаться ещё и режим больших букв.

Иное

Ещё можно повесить переключалку раскладок на левый Ctrl и перемапить Caps Lock, чтобы он был левым Ctrl.

Если через гном раскладки не настроены, индикатора не будет вообще. Если что-то настроено через гном, индикатор будет показывать всегда en.

Тогда можно не настраивать раскладки через гном и выключить гномовский индикатор. А взамен использовать какой-либо другой (например, xxkb) или же led-индикатор на клаве.