NetworkManager только на одном интерфейсе (и не трогать маршруты).

http://superuser.com/questions/9720/disabling-networkmanager-for-a-specific-i...

Only devices that are not listed in /etc/network/interfaces or which have been configured «auto» and «dhcp» (with no other options) are managed by NM.

а для redhat/fedora есть NM_CONTROLLED=yes/no в ifcfg-*

и заметка

Note that you must have the HWADDR=\<MAC-Address> line also in the ifcfg-ethN file so that NetworkManager knows which interface to ignore. NetworkManager does not use the interface name (eth0, eth1, etc.) because the names may change.

Меня крайне не радует фактическая невозможность использование ручкого указания маршрутов и IP при работающем NetworkManager

Лучше осилить NM. Он вполне позволяет указывать статические адреса и маршруты.