Проблема проявляется если вставлять html подпись из файла. Во время формирования письма с подписью, Evolution устанавливает свои теги в результате чего теряется форматирование в подписи.
например код:
В самом файле ~/.config/evolution/signatures/что-то-там все остается по прежнему если его не пересохранять, а вот уже в письме все меняется. Может попробовать багрепорт послать?