isomaster ломает файлы

ultraiso/wine

После изменений исошник не читается, не монтируется? Не хватает места на диске (многих десятков килобайт)?

После изменений получается другой исошник, меньшего размера. Если этот другой исошник залить на флешку, то в отличие от первого, на флешке перестаёт быть виден iso9660-раздел.

Выдерни загрузчик (man dd), подмонтируй образ через loop, скопируй куда-нибудь, подправь, а потом при помощи mkisofs собери обратно.

man dd я уже освоил в деталях (со всякими seek, skip, bs и count)

детализируй, пожалуйста, твой совет в части использования mkisofs

дело в том, что во всех гайдах предлагается сформировать .iso при помощи mkisofs по-новой, указав кучу ключей на тему как именно это сделать.

я не вижу способа правильно подобрать все эти ключи.

Дык, правильно в тех "гайдах" пишут: ты загрузчик со старого диска дэдой выдираешь, а потом собираешь образ обратно.

Для пересорки загрузочного iso используется mksiofs, с указанием того, что образ должен быть загрузочным и указанием файлов загрузчика.

А что бы вы могли затем залить этот образ на флешку посредством dd вы должны использовать isohybrid.

Ну если вы уж всё равно будете грузить систему с флешки, то просто распакуйте iso образ, перенесите файлы на флешку, после чего установите на флешку любой загрузчик, который сможете и который умеет грузить Linux.

После чего по аналогии пишете конфиг для загрузчика.