С какой версии gcc поддерживает C99?

Формально - с 3.x, фактически - в полном объеме не поддерживает до сих пор. Смотри сюда (подставляешь номер версии):

http://gcc.gnu.org/gcc-3.0/c99status.html

..

http://gcc.gnu.org/gcc-4.0/c99status.html

А, вот нужный урл: http://gcc.gnu.org/c99status.html

Спасибо.