Сабж.
Есть идея создать простенькое уеб-приложение, в котором пользователь тыкает на нужные опции, потом нажимает кнопку (что-то вроде Save) и приложение загружает конфиги в директорию (создавая папки, если требуется) и прописывает их в главном конфиге.