Выкладывание файла с конфигами

Ну как вариант один раз залить пустой файл, потом игнорировать изменения в нем, но от факапов конечно никакой страховки

hook фильтрующий пароль

я бы билд-систему дополнил бы плагинчиком/таской, которая в темплэйт проставляет все нужные конфиги и пароли.

это не есть задача git или bitbucket, как по мне.

чтобы все остальные пользователи получали тот же файл с пустыми полями вместе где пассы

Сделать пример пустого конфига. Инсталляцонный скрипт пусть копирует config.php.example в config.php, по пути спрашивая логины-пароли.

а у нас уже они были с заполнеными

Держите у себя заполненный конфиг, вне системы контроля версий. Вы же выкладываете в общий доступ исходники, а не дамп уже установленной системы.

Сделать пример пустого конфига. Инсталляцонный скрипт пусть копирует config.php.example в config.php, по пути спрашивая логины-пароли.

Плюсую это. Либо, если инсталляционного скрипта нет, просто описать этот шаг в README (мне так даже больше нравится, не люблю инсталляционные скрипты)

Переименуй config в config.template и положи в git, сам config добавь в gitignore. В config.template сделай

# Do not modify this file
# Save this template as 'config' to apply changes

...
password = ENTER PASSWORD HERE
...

passwords.cfg => .gitignore
passwords.cfg.default с пустыми (дефолтными) полями

в логике программы дополнить: если не существует passwords.cfg, использовать passwords.cfg.default
// тред я, естественно, не читал ;)

Да я так тоже думаю.

Делать два конфига. Один лежит в репозитории. Например setup.xml.dist лежит в репо, а setup.xml может подтягиваться из специального репозитория или любого другого места при деплое. Приоритет конечно ставится на setup.xml. Еще было бы круто если есть эти два конфига, но в одном из них (setup.xml) можно было бы переопределять важные опции (пароли, ключи и всё такое прочее).