ARM Toolchain в Debian Jessie

binutils-arm-linux-gnueabi требует libc6 версии 2.14 и выше

Проверь так ли это на самом деле (в инструкциях по сборке, например). Если 2.13 пойдёт, то просто перепиши данные о зависимостях в пакете.
Или собери из исходников.
А еще я делал симлинки на недостающие либы.

А какой тулчейн вы имеете в виду? Ванильный или https://launchpad.net/gcc-arm-embedded

Недавно утащенный бинарный дистрибутив последнего прекрасно уживается у меня с libc-2.11.2.

Собственно я в этом еще профан. Чем они отличаются? Мне бы компилить hello world'ы для stm32f3 discovery.

Кстати, а Debian/Ubuntu-вский ARM Toolchain поддерживает Cortex-M3 и прочие?

Я не пользовался. Просто сталкивался с тем, что в требованиях к пакету пишут не то, что реально нужно, а то, что нужно в stable/sid/unstable. Т.е., как я понял в sid пишут зависимости для пакетов из sid'а, несмотря на то, что возможна работа с пакетами из stable.

Дерево исходников, как я понял, у них одно, но у последнего написано так:

ARM employees are maintaining this project.

Много раз собирал тулчейны под разные ядра ARM, всякий раз было то одно то другое, вечные проблемы с патчами. Бинарная сборка gcc-arm-embedded у меня завелась сразу, на всём и для всего.

У проекта есть описание для самостоятельной сборки, пару раз собирал по нему, потом стал брать бинарники.

взял оттуда бинарники. я так понял сразу запихивать их в /usr/bin не стоит, а просто попробовать прописать их в PATH?

Как вам удобнее. Я обычно всё, что не относится к системе храню в $HOME. Проще выковыривать и обновлять.