Как решить такую проблему с помощью waf?

Похоже, что тебе нужна libboost-system. Без указания дистрибутива ты более конкретного совета, скорее всего, не получишь.

Хотя на странице требований проекта про этот пакет ничего нет, так что в какой-то степени это их косяк.

минт последний, libboost-system-dev на месте. тут похоже, у них в сборке нарушен порядок подключения библиотек, но неясно как это исправить именно в waf.

Поглядел я в те исходники, и не нашёл использования Boost. Почему он вообще с ним линкуется?

Надо выяснять, чей именно косяк. Написать хеллоуворлд, ориентированный на сборку с waf. Если и на нём в твоём минте та же ошибка будет - стопудово багрепорт к waf. Если нет - уже всё не так однозначно.

И это, на будущее... у тебя заголовок темы неинформативный чуть менее чем полностью. Формулировка «Как решить такую проблему с помощью...» описывает 90% тем в техразделах ЛОРа. Погляди, что тебе сайт выдаёт в «похожих темах» - ничего похожего. Я бы назвал тему «Сборка Lips of Suna с помощью waf». Ну или «waf не собирает Lips of Suna» - менее формально, зато проблему описывает даже точнее. На ЛОРе явно есть люди, которые когда-то развлекались сборкой этой игры из исходников (даже поиском найти можно), но твой заголовок их внимание точно не привлечёт.

тоже глянул, сходу использования Boost не нашёл... даже не знаю, в какую сторону «копать»