VIM не видит avr/io.h

Где лежит директория avr? Нужно настроить IDE так, чтобы он искал заголовки в родительской директории.

В .vimrc

set path+=*де там у тебя либы*

fatal error: avr/io.h: No such file or directory это ошибка gcc, не вима. Вим тебе напишет что-то вроде: Can't find file «bla» in path. Для gcc есть флаг -I для указания путей до хедеров и -L для путей до либ.

Запусти
find /usr/ -name io.h | grep avr

И подложить путь (без avr в параметры GCC) (gcc -I /usr/path/)

Делаю #include <avr/io.h> в VIM (и в CLion) появляется ошибка fatal error: avr/io.h: No such file or directory

Делаю #include <bla-bla-bla.h> в vim, а ошибка не появляется. Да и почему она должна появиться для меня загадка.

я прекрасно понимаю, что файл не найден, но пакет avr-libc установлен и проект помпилится , но тем не менее ошибка.

А я совсем не понимаю, о чем вы говорите. Проект помпилится (кстати, что это значит?), но тем не менее ошибка. Так проект помпилится или ошибка?

Может быть нужно прописывать прямо целый путь типа /usr/lib.../avr/io.h?

Нет.