Видел такую проблему (сетевая часть между клиентами под разными ОС) только в геймдеве.
Вменяемых ответов почему возникают эпичные проблемы не нашел.
Смотрел тут http://gamedev.stackexchange.com/questions/101040/why-cant-cross-platform-mul...
и тут https://www.quora.com/Why-dont-they-make-cross-platform-multiplayer-games
Ткните кто-нибудь в толковые статьи, пейперы или сайты. Ну или сами расскажите. Крайне интересно стало.