pernet_operations — что есть для других неймспейсов?

таким образом другие модули могут получать события при создании/удалении сетевых контейнеров

Я бы сказал, основное предназначение — это инициализация и освобождение структур. Хотя можно и события какие-нибудь отсылать по нетлинку.

Есть ли аналогичные структуры для PID/Mount и пр. неймспейсов?

Нет

В ядерной структуре «struct sock» есть элемент «possible_net_t skc_net», который в свою очередь содержит «struct net», наверняка есть и в других ключевых структурах, не смотрел. Вопрос в следующем — ядро «видит» все те flows которые «живут» в других неймспейсах, отличных от init_net, и если пакеты ходят между 2-я неймспейсами (например через veth), то и это все доступно ядру?

Конечно доступны. Когда посылается пакет, ядро направляет его туда, куда он должен быть доставлен. Юзерспейс не имеет доступа к памяти буферов сокетов других неймспейсов, и сам этого сделать не смог бы.