не могу сделать export=${pwd}

хинт: где вы устанавливаете значение и где его проверяете?

#!/bin/bash

function _echo {
    echo GOPATH is set to $GOPATH
}

function goenv {
    export GOPATH=$(pwd)
    _echo
}

goenv

┌─[user@debian]─[~/media/source_project/golang]
└──╼ ./build_env.sh
/home/user/.golang
/home/user/media/source_project/golang
┌─[user@debian]─[~/media/source_project/golang]
└──╼ echo $GOPATH
/home/user/.golang

По выходу из скрипта переменная $GOPATH становится такой же, какой она была до запуска скрипта

Так и должно быть. То что вы хотите делается так:

#!/bin/bash

export GOPATH=$(pwd)

$ source /path/to/script.sh

а как иммитировать source /path/to/script.sh в самом скрипте?

Посмотрите как это сделано, например, в /etc/profile

ну а что? Видимо сам /etc/profile где-то source'ится

Угу, /bin/login'ом, перед тем как запустить твой $SHELL...

Угу, /bin/login'ом

Нет.