как победить echo 'aa00bb' | xxd -r -p

А у меня всё работает:

~$ echo -n aa00bb | xxd -r -p | hexdump -C
00000000  aa 00 bb                                          |...|

Если что: 0x00 это не «0», это NULL (\0). А «0» это 0x30

спасибо, разобрался, зря вывод в переменную читал, направил в файл бинарник и нули появились там

Ну и вместо echo 'aa00bb' | xxd -r -p можно просто писать printf «\uaa\u00\ubb»