Пример использования:
$ genmdnav ~/Development/arch-instruction/Arch-Instruction.md
$ genmdnav *.md --title "Содержимое"
В файл нужно добавить парные комментарии <!-- nav --><!-- /nav -->
в место, где у вас должна появиться навигация.
$ pip install genmdnav
Это весьма специфическая задача, но может кому-нибудь потребоваться.