Как вы бы поступили?

Расстояние до соседней галактики в нанометрах.

До соседних галактик порядка 10^31 нанометров, если я не ошибаюсь. В 128 бит влезет.

Ну вот сколхозили вы себе свой конфигурационный формат

А зачем, чтобы задваться такими вопросами? Пусть ими задаются разработчики библиотеки-парсера!

Игнорировать строку, либо обрезать. В зависимости от того, насколько это embedded. Я бы для любого embedded обрезал при проверке сэкономив пару байт кода и время на написание (но только в случе когда это не приводит к крашу, переполнение обычно относительно безопасно).

Если пишу либу или более-менее средний слой, то делегировал бы решать это вызывающему, по типу

int get_u64(cfg, name, u64 *v, char **err);
if (get_u64(cfg, "a", &v1, &err) ||
    get_str(cfg, "b", &v2, &err) ||
    ...)
{
    printf("%s\n", err); // 'value out of range for key "a" in ./conf/cfg.config'
    free(err);
    if (hatmode) givebyhat(getuid());
    // v1 не менялся
}

А если для себя, чисто прога без апи, то exit() по месту ошибки с похожим сообщением. Клампить значения это моветон, т.к. мало ли чего юзер там накопипастил случайно.

Кстати чего мне не во всех тредах писать можно теперь, запретили что-ли опять?

Иное: проверял бы читаемое значение в соответствии с его смыслом, и если выходит за рамки — выводил бы осмысленное сообщение об ошибке. Понятно, что если это номер порта — диапазон один, если число молекул в океане — другой.

Нужно ли при этом ещё и прерывать работу программы — зависит от программы, автор поставил тег embedded, я не знаю, как в embedded в этом случае принято…