Сделать так чтобы окно было видно на всех workspace-ах (Qt)

А xprop показывает, что атом установился на окне?

Да, вроде установился:

_NET_WM_DESKTOP(CARDINAL) = 4294967295

Полный вывод тут: https://pastebin.com/2iSPf6s1

The Window Manager should honor _NET_WM_DESKTOP whenever a withdrawn window requests to be mapped.

Может значение ставится слишком поздно (после отображения) и надо делать как написано потом:

A Client can request a change of desktop for a non-withdrawn window by sending a _NET_WM_DESKTOP client message to the root window:

Есть такая утилита wmctrl, она может закрепить окно на всех рабочих столах. Xfce window manager тоже может так, но через popup, если нажать на окно.

	const QString WIdString = "0x" + QString::number(window, 16);
	qDebug() << "window id: " << WIdString;
	const QStringList arguments = {"-i", "-r", WIdString, "-b", "add,sticky"};
	QProcess::execute("wmctrl", arguments);

Почитаю как там внутри оно делает (скорее всего через XSendEvent), но странно, однако, что мой вариант не работает.