Включить log4cplus в свой проект

Да, не включать стронние проекты через add_subdirectory

А как тогда? В голову приходит только выкинуть их CMakeLists.txt и написать свой. Но это попахивает мазахизмом. Должно же быть в cmake решение подобных задач...

Как минимум - ExternalProject. Как максимум - vcpkg, conan, hunter, тысячи их.

Включай только библиотеки и хедеры, например :) через find-скрипт или рукаме. Цмейк в этом никак не мешает.

понадобилось кое-что добавить в код от log4cplus. 

Ctrl+c/ctrl+v

когда открываем cmake-gui

Открывать надо не cmake-gui, а их CMakeLists.txt и смотреть, что он делает. Эти наркоманы зачем-то поддерживают три системы сборки одновременно, поэтому шанс того, что у них что-то будет «просто», стремится к нулю

видим наши options и кучу всего, что пришло с log4cplus, и что нам не надо видеть

Оно и должно показывать их, это ручки для конфигурирования лога. И да, в чём проблема? Там и без этого куча всего показывается, тебя же это не напрягает. Насчёт смаке-гуи не знаю, но в любой юзабельной гуйне есть фильтрация этих переменных.

А так, можешь посмотреть в сторону get_directory_property(x DIRECTORY log4cplus CACHE_VARIABLES) и потом сделать всё это адванцед/интернал.

Только если тебе нужно сдать лабу. Да и то даже здесь адд_сабдиректори работает лучше.

Посмотрите в сторону https://github.com/TheLartians/CPM.cmake

Он позволяет компилировать конкретную версию для зависимости.

Форкаете log4cplus, применяете свои изменения к нему, добавляете как зависимость через CPM