Видел такое в одном проекте. Все *cpp располагаются в поддиректории impl, на один уровень ниже в дереве исходников относительно соответствующих заголовочных файлов.
Где это может быть удобно? Быстро скопировать заголовки и отдать кому-то без доступа к реализации? В любом случае всё тот же rsync, с минимальными отличиями. Автоматически добавлять ACL/MAC ограничения ко всем директориям impl? Что ещё?