[debian, rpm] Задать зависимость от пакета с заголовочными файлами от установленного ядра

А для чего это? Если чтобы что-то потом собирать, то в Debian-системах лучше использовать moudule-assistant. Вообщем, посмотри, как это сделано, например, на alsa-source или sl-modem-source.

В Debian никак, ибо это не то чтобы не нужно, но неправильно. Можно задать зависимость от заголовочников ядра вообще -- пользователь сам должен выбирать, для какого ядра он хочет. Возможно, он захочет не для того ядра, которое стоит сейчас.

Это делается зависимостью от виртуального пакета linux-headers, либо от linux-headers-2.6, если софт рассчитан только на 2.6 ядра.