mplayer -identify не дает нужной информации об индексе, а часто встречаются MPEG4-ASP файлы, которые не берет "железный" плеер. Как говорит avidemux, у них не упорядочены кадры, либо проблемы с b-frames.
Насчет диска надо узнать информацию о нем (dvd-r, dvd+r, dvd+rw, записанный-ли, есть ли мультисессия).
