Почему синхронзация процессов при помощи fcntl при доступе к обычным файлам работает нормально а при доступе с СОМ порту криво

То есть у тебя несколько процессов читают с COM порта и запирают его через fcntl? Грамотнее написать один процесс, который читает из порта, а потом раздает данные другим процессам. А то, возможно, при открытии/закрытии порта сбрасывются его буфера и т.д.

Неплохая идея. Пока все процессы одновременно держат порт открытым и поочереди к нему обращаются. Единственный глюк что иногда создаётся впечатление как будто данные посланные в порт или из порта где то по дороге теряются. при обращении к порту из одного процесса етого явления не наблюдается.