С помощью такого нехитрого кода можно подсветить определенное слово в JTextPane:
int pointer = 0;
SimpleAttributeSet red = new SimpleAttributeSet();
StyleConstants.setForeground(red, Color.red);
StyledDocument doc = jTextPane1.getStyledDocument();
String searchStr = "слово, которое подсвечиваем";
while ((pointer = jTextPane1.getText().indexOf(searchStr, pointer + 1)) != -1) {
doc.setCharacterAttributes(pointer, searchStr.length(), red, false);
}