Задача кода такова: искать определенное слово в JTextPane и фиксировать координаты его начала (по положению каретки):
int pointer = 0;
int x = 0;
int y = 0;
String searchStr = "искомое слово";
while ((pointer = jTextPane1.getText().indexOf(searchStr, pointer + 1)) != -1) {
jTextPane1.setCaretPosition(pointer); // устанавливаем каретку перед словом
// получаем координаты
x = jTextPane1.getCaret().getMagicCaretPosition().x; // тут возникает
y = jTextPane1.getCaret().getMagicCaretPosition().y; // исключение
}