bash + awk

у тебя всё сделано порнографически, смотри как надо:

$ ls -1
a.txt
b.txt
c.txt
$ x=0; a=(*.txt); for ((i=0; i<3; i++)); do echo $i" "${a[i]}; done
0 a.txt
1 b.txt
2 c.txt

круто, тока нихера не понятно. можно пояснить?

используй arrays

но в данном конкретном случае всё делается проще:

$ ls -1
a.txt
b.txt
c.txt
$ ls -1 |head -2
a.txt
b.txt

где есть численная переменная по которой надо выбирать

это обязательно?, а то ведь и «for file in *.txt ...» можно

я понял про arrays, я не понял как он инициализировался через ls -l в a(*.txt)

ls тут не причём вообще:

$ ls -1
a.txt
b.txt
c.txt
$ echo *.txt
a.txt b.txt c.txt

Лучше бы это в general.

так можно сразу объявлять массивы с шаблоном типа array(*.nii.gz) и всё туда сразу попадёт?

vaborg

так можно сразу объявлять массивы с шаблоном типа array(*.nii.gz) и всё туда сразу попадёт?

да. любая строка разделённая пробельными символами. например

a=(x y z)