Подозреваю, что вопрос нубский, ибо не так давно начал изучать Python. Но всё равно причин данного поведения я не понимаю.
>>> class Number:
nums = []
flag = True
>>> a = Number()
>>> b = Number()
>>> a.nums += [1]
>>> b.nums
[1]
>>> a.flag = False
>>> b.flag
True
Python 3.2.2, но то же самое и с 2.7.2